老版:东京地方法院检察官杜丘为人正直,却莫名其妙被人诬告犯有抢劫、强奸罪。为了洗清冤屈,杜丘一边躲避警察的追捕,一边坚持追查自己被诬告的真相。他在山中冒险救下了农场主的女儿真由美并和她产生了爱情。在真由美和她父亲的帮助下,杜丘拨开重重迷雾,冲破种种险阻,在一家精神病院找到了诬告自己的横路敬二,但对方已神志不清。
为了弄清真相,杜丘也装病住进这家医院。原来由于制药厂经理长冈的逼迫,议员朝仓自杀身亡。在警方断案之时,杜丘对其持保留态度,这让长冈放心不下。长冈买通横路陷害杜丘,又用药物使横路变得神志不清。事情终于真相大白,长冈也被击毙。
新版:片中,杜丘不再是日本人,而是旅日华人,这个故事是围绕遭受陷害的律师和正直的日本警官之间展开的,这样算得上是一段可歌可泣的国际友谊呢。吴宇森说,对人物身份做这样的改编,是因为当今大批华人定居海外,这样改动合情合理,也让中国观众对人物没有陌生感。
片中,律师杜丘卷入一宗凶杀案,遭人陷害的他明知犯险仍要拒捕,并要亲自查明真相,期间他获得神秘女子真由美等人的帮助,几次逃脱警方的全城追捕。具有多年查案经验的警长矢村怀疑凶杀案另有内情,在追捕杜丘的过程中,虽然一直不能完全相信他,却和他也发展出一段惺惺相惜的情谊。
此外,吴宇森导演还强调,新版《追捕》会更加浪漫,杜丘与真由美的爱情会更加婉转曲折。