《将军在上》不仅有搞笑的爱情故事，还有十分精彩的权利斗争，尤其是后宫的斗争看点十足，毕竟后宫的娘娘都不希望皇上被别人分享。张贵妃到假山后面去踩花，她无意中碰到了皇后。皇后不满皇上对张贵妃的宠爱，她怒斥张贵妃是勾引皇上的极品妖精。皇后不仅骂了张贵妃，她还动手去打张贵妃。皇后和丫鬟一起把张贵妃推倒在地，这一幕被皇上看到了。皇上走过去想要救张贵妃，不料皇后突然打来的一巴掌却打到了皇上的脸上。皇上的脖子瞬间就被挠出了血印子，他大怒着骂皇后。范仲淹听到动静赶紧走过来，他恰好看见皇后打了皇上一巴掌。
皇上传唤太监询问事情经过，他得知皇后先动手打张贵妃便下令要剥夺皇后管理后宫的职权。这件事传到了吕相爷和太傅的耳中，他们两人商议着要联合上书废掉皇后。因为只有扳倒了皇后，吕相爷他们才能削弱范仲淹和郭福山在朝中的势力。
大殿上，吕相爷和太傅等大臣联合起来觐言要废掉皇后，他们以皇后争风吃醋和无子嗣为名要求皇上罢黜皇后。皇上本就不满皇后的所作所为，他听了吕相爷的觐言后有点心动。晚上，吕相爷和太傅又在密谋要废后一事，他们派人故意传谣言说皇后前世是一只恶犬会危害大宋的江山。果不其然，皇上听闻谣言一怒之下就下诏废后。
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