此时的世界，因为太阳耀斑造成了数十亿人死亡，而且还衍生出了一种无可救药的闪焰病，
WCKD把他们关在迷宫里测试他们大脑的活动，以找到治疗闪焰病的解药。
奇迹的是有一批出生的新生儿并没有受到感染，这些新生儿也就是托马斯他们。之后托马斯他们被军队带走，离开了迷宫。托马斯他们但他们只是被WCKD设了套，
在第二部中，托马斯他们进入了一个类似于保护营地的封闭站所，里面管吃管喝管住，在这里还有很多从其他迷宫救出来的人。
但是，里面有军队看护着，不准去的地方寸步难行，睡觉还要把人锁在房间内。
这像什么，没错，像监狱。
发现这个所谓的保护站所，还是WCKD组织。很快，托马斯靠着独行侠阿里斯的帮助，被叫走的人美名其曰是获得去新世界的门票，其实是被拉去做实验。从迷宫逃出来的人每晚会有被点名，
发现真相的托马斯，再次和他的同伴逃离这里，去寻找真正自由的反抗军。
他们队伍中的特蕾莎突然反水，因为她把希望放在了WCKD能研制救活人类的解药。而当他们历经千辛万苦找到反抗军之后，
于是她揭发了反抗军的地址，让WCKD得以把反抗军一锅端。
第二部的剧情，最终以WCKD带走了托马斯的好兄弟米诺结束。
《移动迷宫3》的故事背景，就发生在第二部的六个月之后，托马斯他们靠着各种线索深入虎穴，前往WCKD总部的“末日之城”解救米诺。
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