1999年3月微软在中国推出维纳斯计划,图谋通过电视布局智能终端,谋求新一代产业的控制权。方兴东在3月11日的《南方周末》发表《维纳斯计划福兮祸兮?》,引起广泛热议.之后,他和王俊秀合作,在同年5月份完成出版了《起来——挑战微软霸权》一书。
2002年方兴东的《向微软投降》和《微软为什么》两篇文章先后发表，但仅仅活了一两个小时，就全部被替换成了微软的广告，这次删稿事件令方兴东十分气愤，也成为了他创办博客中国的诱因。
2002年8月初，“博客中国”正式成立，方兴东和王俊秀发表了《中国博客宣言》文中称：“如同当年麦哲伦的航海日志一样，博客将工作、生活和学习融为一体，将日常的思想精华及时记录和发布，萃取并联接全球最有价值、最相关、最有意思的信息与资源。”
曾预言京东将成悲剧
在文章中怼网络平台早就是方兴东的一种习惯了。据中国经济网报道，早在2015年，方兴东就在《阿里巴巴正传：我们与马云的“一步之遥”》一书的序言中放话称京东将成悲剧。
当时微信朋友圈中疯传着一篇马云“炮轰”京东的一篇文章，文章中“马云”称“京东将来会成为悲剧，千万不要去碰京东，别到时候自己死了赖上我们”。此文一石激起千层浪，逼得马云不得不通过微博紧急澄清。随后人们才发现这是方兴东书里的话，但是是马云在私人场合对方兴东说的。
发现事态不对的方兴东随即连发4条朋友圈，对在书中狂怼刘强东一事道歉。方兴东在朋友圈中称“肇事者是我，罪过。”方兴东表示，序言引述了与马云聊天时候的一些精彩观点，但网上将序言截出来传播很要命，并恳请读者读完序言全文不要断章取义，更不要想当然去进一步演绎。
从始至终力挺贾跃亭
自从乐视危机爆发之后，媒体对贾跃亭的态度产生了剧变，从一开始创新先锋的吹捧变成了现在“下周回国”的调侃，但方兴东对贾跃亭的力挺却始终如一。
2016年10月，贾跃亭承认乐视出现资金问题的前一个月，方兴东撰文《贾跃亭和乐视是如何挑战我们的常识、想象力和可能性?》，虽然他在个人微信公众号中表态称“不负责任，不做答案，仅供启发”，但其力挺乐视的态度可见一斑。
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